CDSB 2023: Creando paquetes de R/Bioconductor para análisis transcriptómicos de célula única

Código: CDSB2023
Duración: 40 horas
Nivel: intermedio-avanzado
Idioma: español
Fecha: 07 al 11 de agosto de 2023
Horario: lunes a jueves 9:00 -17:00, viernes 9:00-14:00 (hora del Centro de México)
Modalidad: en línea

Más información:
https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cdsb-2023-workshop/

En los últimos años, la generación de datos transcriptómicos de célula única ha cobrado gran relevancia  en la investigación biomédica; sin embargo, las herramientas necesarias para su análisis continúan en desarrollo. En este taller haremos un repaso a las herramientas estadísticas existentes para analizar datos transcriptómicos de célula única usando Bioconductor, cómo documentar tu análisis y revisaremos algunas herramientas para la interpretación de resultados. A la par, aprenderás cuáles son los pasos cruciales para desarrollar un paquete de R y algunas buenas prácticas para la generación de código. Con la integración de estas herramientas, tendrás la oportunidad de crear tu primer paquete y contribuir a la comunidad de desarrolladores.

Este curso está dirigido a personas que desean aprender a desarrollar paquetes para el análisis de datos transcriptómicos de célula única utilizando herramientas de R/Bioconductor.

Este taller es de un nivel Intermedio-Avanzado, por lo que necesitarás contar con algunos conocimientos previos:

• Conocimientos básicos de secuenciación de transcriptomas
• Conocimientos básicos de RStudio (Creación de Rscripts, manejo de la consola de RStudio, manejo del espacio de visualización)
• Conocimiento intermedio de R (Manejo de variables, lectura de archivos, creación y manejo de data frames y listas, generación de gráficas básicas, conocimiento sobre cómo instalar paquetes desde CRAN y Bioconductor)

Requisitos técnicos:

• Computadora con al menos 8Gb de memoria
• Tener instalado R y RStudio en su última versión

Día 1: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte I

• Presentación de la CDSB
• Estructura e importe de datos
• Control de calidad
• Normalización

Día 2: Flujo de análisis de datos transcriptómicos de célula única Parte II

• Selección de genes altamente variables
• Reducción de dimensiones
• Clustering
• Genes marcadores
• Anotación de tipos celulares

Día 3: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte I

• Nuevas funcionalidades de RStudio, Quarto
• Control de versiones con GitHub y RStudio 
• Solución de problemas con las versiones de paquetes de Rstudio
• Infraestructura de un paquete de R/Bioconductor
• Plática.: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor
• Documentación de funciones
• Sesión social: Conociendo a la comunidad

Día 4: Creación de paquetes de R/Bioconductor Parte II

• Diseño de pruebas 
• Creación de viñetas
• Compilación e instalación de paquetes
• Proyectos colaborativos Parte I

Día 5: Proyectos colaborativos

• Proyectos colaborativos Parte II 
• Presentación de proyecto
• Clausura

• R
• RStudio

Este taller se impartirá en línea a través de Zoom.

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