¿Quiénes somos?
¿Qué es el NNB?
El Nodo Nacional de Bioinformática (NNB) del Centro de Ciencias Genómicas (CCG)-UNAM es un grupo que une a profesionistas y académicos para apoyar, brindar servicios, y mantener el crecimiento del campo de la bioinformática en la investigación del país. El NNB-CCG, desde septiembre de 2001, pertenece a la red mundial de centros en bioinformática, EMBnet (Red Europea de Bioinformática formada en el 1988), con más de 30 nodos en los cinco continentes.
Objetivos
- Proporcionar educación y entrenamiento en bioinformática.
- Apoyar a la investigación relacionada con la bioinformática.
- Establecer vínculos con sectores académicos y comerciales.
- Promover la cooperación global con otras redes y comunidades afines a la bioinformática.
Misión
- Fomentar el desarrollo y expansión de la Bioinformática en el país, ofreciendo recursos que contribuyan a la comunidad a integrar y fortalecer conocimientos, herramientas y tecnologías relacionas con el área.
- Servir a la comunidad de investigación en México para facilitar la participación coordinada de los grupos de bioinformática en proyectos nacionales e internacionales que requieran y se beneficien de colaboraciones para optimizar los recursos
Visión
- Posicionar al NNB-CCG para ser el grupo de referencia en México en apoyar, brindar servicios, y fomentar la Bioinformática en nuestro país.
Historia
Para conocer el origen del Nodo Nacional de Bioinformática es necesario comenzar hablando del EMBnet. El EMBnet (European Molecular Biology network) fue formado en 1988, y actualmente representa una red mundial de centros en bioinformática, con más de 30 nodos en los cinco continentes, que soportan, mantienen y apoyan el crecimiento de la Bioinformática.
En septiembre de 2001 México se integra a EMBNet, creando el Nodo Nacional de Bioinformática (NNB) bajo la dirección del Dr. Julio Collado, y teniendo como sede el Programa de Genómica Computacional (PGC) del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en Cuernavaca, Morelos, México.
La creación del NNB se originó dado que, en aquel momento, el principal objetivo era atender las necesidades del proyecto genómico titulado: “Desarrollo de la Ciencia Genómica en México: el genoma de Rhizobium etli como sistema modelo”, impulsado por el entonces Rector Dr. Juan Ramón de la Fuente. En este proyecto de la UNAM, participaron el CCG y el Instituto de Biotecnología (IBt), promoviendo y ofreciendo apoyo, tanto educativo como tecnológico, a la comunidad científica de nuestro país. Derivado de este proyecto también se creó la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) de la UNAM y la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (SMCG: http://smcg.cifn.unam.mx/).
Durante los primeros años de su creación, el NNB-CCG se enfocó a ofrecer información, herramientas, bases de datos y foros de discusión, donde la comunidad científica y académica pudiera intercambiar opiniones y apoyar en áreas relacionadas con la bioinformática y las ciencias genómicas en general. Durante el desarrollo de estas actividades el NNB-CCG mantuvo colaboración con la entonces Dirección General de Servicios de Cómputo Académico (DGSCA) y el Instituto de Biotecnología (IBt) de la UNAM.
En 2006, el NNB-CCG inició con la organización de pequeños cursos, que al paso del tiempo fueron teniendo mayor impacto en la comunidad, beneficiando a muchas personas. En 2010, se da comienzo con la organización de Talleres, lo que dio inicio a los ahora conocidos como Talleres Internacionales de Bioinformática (TIB); en los cuales, hemos tenido participantes de casi todos los estados del país, así como de un gran número de instituciones, centros de investigación, institutos y universidades, tanto nacionales como extranjeras. Actualmente, los TIB se ofrecen al público en diferentes niveles, principiantes, expertos, y cursos especializados. Estos talleres fueron realizados continuamente y a la fecha se realizan de manera anual, con sede en el Centro de Ciencias Genómicas (UNAM).
En 2017, con la finalidad de ofrecer al público talleres de mayor calidad, el NNB-CCG establece un vínculo con The Carpentries (Software Carpentry), la cual representa una fundación enfocada en enseñar a los instructores técnicas pedagógicas, habilidades básicas de computación y ciencia de datos.
El NNB-CCG ha unido esfuerzos con otras entidades que han apoyado de manera significativa para fomentar la Bioinformática en México. Las instituciones que han participado con nosotros durante estos años son: Licenciatura en Ciencias Genómicas-UNAM, Secretaría de Ciencia y Tecnología Morelos, Facultad de Medicina-UAEM, Instituto de Biotecnología-UNAM, Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBIO), Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano-UNAM, The Carpentries (Software Carpentry), Winter Genomics, R Consortium, Bioconductor, Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática y la Red Mexicana de Bioinformática.
Organización
El esquema de organización del NNB-CCG se encuentra encabezado por un Comité Directivo, liderado por un Presidente que tienen como principal misión proyectar las actividades del NNB-CCG hacia el futuro, orientándose a la consecución de los objetivos académicos y financieros que establezcan y sean aprobados por el Comité Directivo. El Subpresidente como responsable de reportar las metas y los logros del NNB-CCG, así como de supervisar y dar seguimiento al desempeño del trabajo de los distintos comités que conforman el Comité Directivo y comités alternos. Y el Secretario técnico, cuyo objetivo es coordinar y, articular los detalles técnicos que permitan llevar a cabo de manera satisfactoria las actividades del NNB-CCG.
El desarrollo de proyectos y actividades del NNB-CCG se gestiona mediante comités, cada uno con un responsable asignado, quien definirá estrategias para el cumplimiento de objetivos específicos. En conjunto, el trabajo de los comités consigue llevar a buen término el desarrollo de los proyectos y actividades, en el plazo y dimensión estratégica planificadas.
Comité Directivo
Dra. Irma Martínez Flores
Presidenta
Estudió la carrera de Química en la Facultad de Química de la UNAM, y la Maestría y Doctorado en Biotecnología en el Instituto de Biotecnología de la UNAM. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores nivel 1. Realizó una estancia posdoctoral en el Departamento de Biología Molecular y Celular, de la Universidad de California, campus Berkeley. Presidenta del Nodo Nacional de Bioinformática – CCG en México; y forma parte del consejo directivo de la Red Mexicana de Bioinformática, A.C. Participa también en el comité organizador de los Talleres Internacionales de Bioinformática.
En marzo 2005, ingresó al “Programa de Genómica Computacional” del Centro de Ciencias genómicas (CCG) de la UNAM como curador en las bases de datos RegulonDB y EcoCyc. Posteriormente se desempeñó como investigador por proyecto, con enfoque en la planificación y desarrollo de proyectos en el área de genómica computacional de la regulación genética en modelos microbianos. Su trabajo culminó con la publicación de varios artículos en revistas de circulación internacional, entre otros productos.
Desde el 1º de Julio del 2014 inició su trabajo científico como Técnico Académico Titular “B” de Tiempo Completo, del grupo del Dr. Víctor González, en el “Programa de Genómica Evolutiva” del CCG-UNAM, el cual realiza a la fecha.
La Dra. Martínez tiene certificación como instructora Carpentry en Software Carpentry. Ha dirigido a estudiantes de Licenciatura, Maestría, servicio social y estancias.
Ha sido distinguida con el reconocimiento “Sor Juana Inés de la Cruz” otorgado por la UNAM como reconocimiento al mérito académico.
Su experiencia de trabajo es en biología molecular, genómica computacional de la expresión genética y sistemas de calidad.
M.T.I. Shirley Alquicira Hernández
Subpresidenta
Estudió la Ingeniería en Informática y la Maestría en Tecnologías de la Información en la Universidad Politécnica del Estado de Morelos (UPEMOR). Desde 2009, colabora en el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM. Es miembro del Sistema Estatal de Investigadores del Estado de Morelos desde el 2014.
Sus contribuciones han sido en el área de Bioinformática, donde ha colaborado en varios proyectos de investigación, apoyando en la implantación de mejores prácticas en el desarrollo de proyectos; y en la gestión y administración de bases de conocimiento. Cuenta con la verificación en la implantación del Modelo de Procesos para la Industria de Software (MoProSoft) nivel II en el Programa de Genómica Computacional del CCG.
En el ámbito Académico y de Divulgación, ha participado distintos cursos en la licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM y en la Facultad de Ciencias de la UAEM. Forma parte del Comité Directivo del NNB-CCG, y es parte del comité organizador de los Talleres Internacionales de Bioinformática. Es instructora certificada de Software Carpentry, organización enfocada a promover las buenas prácticas docentes.
M.A.D. Alfredo Hernández Alvarez
Secretario Técnico
Estudió la licenciatura en Ciencias de la Computación por la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México. Realizó la maestría en Análisis y Visualización de Datos Masivos en la UNIR.
Ingresó al CCG en el 2005 como administrador de tecnologías de información, trabajando principalmente en la Licenciatura en Ciencias Genómicas. Sus actividades consisten en la administración de servidores Linux, clusters de cómputo, entornos de virtualización, servicios de correo, web, archivos, bases de datos, seguridad en la red y videoconferencias. Además, se encarga de la instalación y configuración de programas de bioinformática. Tiene conocimientos de programación en Bash, Perl, Python, C y PHP. En el ámbito de docencia, obtuvo la certificación como instructor de Software Carpentry. Forma parte del comité directivo del Nodo Nacional de Bioinformática del CCG y responsable del comité de infraestructura en los Talleres Internacionales de Bioinformática.
Miembros honorarios
Dr. Julio Collado Vides
El Dr. Julio Collado realizó sus estudios de licenciatura, maestría y doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM); tras una estancia posdoctoral de tres años en el Massachusetts Institute of Technology (MIT) en Boston, se incorpora a la UNAM donde ha hecho su carrera desde que regresó en 1992.
El Dr. Collado ha contribuido a la creación y fortalecimiento de instituciones científicas mexicanas en la bioinformática y genómica. Asimismo, es referencia nacional y latinoamericana, reconocido a nivel mundial en la bioinformática, disciplina de creciente relevancia en las ciencias genómicas. Los logros fundamentales de su carrera científica son los siguientes:
Pionero e impulsor de la bioinformática y la genómica en México.
Impartición de cursos de bioinformática y computación en la Licenciatura en Ciencias Genómicas
Participación en el diseño de la Licenciatura en Tecnologías para la Información en Ciencias de la UNAM-Morelia
Fundador del Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
Pionero en análisis genómico en Escherichia coli de la regulación genética; creador de la base de datos RegulonDB, que contiene la información más completa, curada manualmente, sobre la regulación transcipcional de un organismo.
Cuenta con reconocimientos nacionales e internacionales, como:
• El Premio Universidad Nacional
• El Premio Nacional en Ciencias y Artes (2011)
• Becario de la Fundación John Simon Guggenheim
• Catedrático visitante de la Universidad de Harvard (2007)
• Reconocido entre los científicos más citados en el mundo durante el 2015 por Thomson Reuters
• Miembro permanente del “Genomics, Computational Biology and Technology” Study Section del NIH
• Profesor Adjunto del Departamento de Bioingeniería de la Universidad de Boston (2018)
• Investigador Emérito por la UNAM (2020)
El Dr. Collado es el científico mexicano de mayor prestigio nacional e internacional en bioinformática, con una obra original, altamente citada, pionera y ahora clásica; pilar del surgimiento de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país.
Dr. Christian Sohlenkamp
Cursó la Carrera de Ingeniería en Biotecnología en la Universidad Tecnológica de Berlín (Technische Universität Berlin) en Alemania. Realizó una estancia en el Instituto Max-Planck de Fisiología Molecular de Plantas en Golm, Alemania. Recibió el título de doctor de la Universidad Tecnológica de Berlín en 2001. Fue becario Feodor Lynen de la Fundación Alexander von Humboldt. Es editor asociado de la revista Frontiers in Microbiology- Microbial Physiology and Metabolism y es miembro del Editorial Board de la revista Journal of Biological Chemistry.
Actualmente es Investigador Titular B en el Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM) y desde el 2017 a la fecha es Director del CCG. Representante actual del Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG).