Análisis de datos de 16S

Duración: 40 horas
Nivel: intermedio-avanzado
Idioma: español
Fecha: del 22 al 26 de enero de 2024
Horario: lunes a jueves 9:00 -17:00, viernes 9:00-14:00 (hora del Centro de México)
Modalidad: EN LÍNEA

En este taller:

–   Explorar los aspectos esenciales en el estudio del microbioma/microbiota.

–   Obtener una comprensión del proceso metodológico en laboratorio para el estudio de microbioma

–   Desarrollar un flujo de trabajo para análisis de microbioma.

Requisitos de conocimientos previos

• Interés en estudios de microbioma/microbiota
• Conceptos básicos de estudios de metataxonómica (16S)
• Estadística básica (se requieren conocimientos básicos de estadística (media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis, logaritmos)
• Programación en lenguaje R

Requisitos técnicos

• • Computadora con acceso a internet
  • Zoom instalado con anticipación

* Al inscribirte al taller está bajo tu responsabilidad contar con los conocimientos previos requeridos.

En este taller se aprenderá:

Al finalizar este taller serás capaz de comprender conceptos asociados a los estudios de microbioma/microbiota, conocer las fuentes de datos que provienen de bases de datos públicas y sus metodologías experimentales, y desarrollar un flujo de trabajo para el análisis del microbioma utilizando paquetes como DADA2 y phyloseq.

El contenido del curso consiste en los siguientes temas:

1. 1. Introducción a los análisis de datos de 16S
      1. Conceptos
      2. Otras tecnologías relacionadas
   2. Fuentes de datos
      1. Bases de datos públicas
      2. Protocolo de experimentación
      3. Estándares de oro
         1. Toma de muestra(s)
         2. Extracción de ADN
         3. Bibliotecas
         4. Análisis bioinformático
         5. Estructura de los datos
   3. Instalación de paquetes de R de distintas fuentes
      1. DADA2
         1. Importe de datos
         2. Control de calidad
         3. Filtrado y corte de lecturas
         4. Estimación de tasas de error
         5. Inferencia de composición de la muestra
         6. Unión de las secuencias pareadas
         7. Construcción de tabla de secuencias
         8. Eliminación de quimeras
         9. Resumen del preprocesamiento
         10. Asignación taxonómica
         11. Revisión de bases de datos
         12. Evaluación de la exactitud
   4. Phyloseq
      1. Importe de datos (metadata)
      2. Creación del objeto Phyloseq
      3. Características del objeto Phyloseq
   5. Análisis de diversidad
      1. Alfa, Shannon, Simpson
      2. Transformación de proporciones para diversidad beta
      3. Distancias Bray-Curtis
      4. Análisis de abundancias
      5. Subsets de datos

• Zoom
• Navegador web – Rstudio

Este curso está dirigido a estudiantes e investigadores interesados en el área de investigación del microbioma/microbiota a partir del análisis del ARNr 16S.

Este es un curso digital. Las sesiones y material del curso serán presentados en línea. Esta modalidad incluirá grabaciones de video o audio del material, intercambio de archivos y sesiones de discusión temáticos, ejercicios de auto-evaluación y acceso a los instructores para comentarios durante el curso.