Ensamble y Anotación de Metagenomas

Código: ENSAMBLE
Duración: 12 horas
Nivel: intermedio
Idioma: español
Fecha: 02 al 04 de mayo de 2023
Horario: martes a jueves 9:00 -13:30 (hora del Centro de México)
Modalidad: presencial
Lugar: Facultad de Medicina y Ciencias Biomédicas, Laboratorio de Cómputo 2, Edificio de Laboratorios Dr. Jorge Duque Rodríguez, segundo piso.

Al final del curso los participantes:

• Tendrán conocimientos teóricos sobre las principales tecnologías de secuenciación de DNA.
• Adquirirán conocimientos teóricos y prácticos sobre:
  • Las metodologías para realizar análisis de calidad y de limpieza de lecturas de secuenciación (archivos fastq)
  • El ensamble y anotación de metagenomas
  • Análisis de clasificación taxonómica de lecturas y contigs (regiones genómicas ensambladas) de origen metagenómico (no se considera análisis de datos de 16S)

Es indispensable cumplir con los requisitos de conocimientos previos que se listan a continuación:

• Unix a nivel intermedio. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.
  Los participantes necesitan tener conocimientos de nivel intermedio en la línea de comandos de UNIX/Linux, entre los cuales se encuentran los comandos de manejo de archivos y directorios (rm, mkdir, cd, ln, less, cut, sort, uniq, etc), formateo de datos (awk o perl command line, sed).
• Estadística básica.
  Se requieren conocimientos básicos de estadística (conceptos básicos: media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis, logaritmos).

* Al inscribirte al taller está bajo tu responsabilidad contar con los conocimientos previos requeridos.

Para el desarrollo del taller, cada uno de los participantes hará uso de las computadoras disponibles en el Laboratorio de Cómputo 2 (Edificio de Laboratorios Dr. Jorge Duque Rodríguez, segundo piso) de la Facultad de Medicina y Ciencias Biomédicas de la UACH.

Únicamente se sugiere a los participantes traer lo necesario para las notas correspondientes.

El taller presenta las tecnologías de NGS y las metodologías para el ensamblado de metagenomas, de novo, así como su anotación. Así mismo, se abordará la clasificación taxonómica de lecturas y contigs de origen metagenómico (no se considera análisis de datos de 16S). Este curso está enfocado primordialmente en el manejo práctico de las herramientas computacionales y la correcta interpretación de los resultados.

Para alcanzar el objetivo del taller, se requiere que los participantes cuenten con los requisitos de conocimientos previos.

El contenido del curso consiste en los siguientes temas:

• Unidad 1
  • Bienvenida
  • Conexión al servidor, creación de directorios, y archivos de trabajo.
• Unidad 2
  • Análisis de Calidad: FastQC
  • Limpieza de secuencias: Trim Galore
• Unidad 3
  • Ensamble de metagenomas: metaSPAdes
  • Anotación de ensambles metagenómicos: Prokka
  • Comparación de ensambles metagenómicos: QUAST
• Unidad 4
  • Clasificación taxonómica: KRAKEN
• Unidad 5
  • Visualización: Pavian 
• Unidad 6
  • Conclusiones y despedida

• FastQC
• Trim Galore
• metaSPAdes
• MUMMER
• Prokka
• Quast
• Kraken2
• Pavian

El curso va dirigido a estudiantes e investigadores en genómica, genética, bioinformática o ciencias computacionales, con especial interés en el manejo de datos genómicos y ensamblado de metagenomas, y/o que sus proyectos de investigación se vean beneficiados con este conocimiento.

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