CDSB 2022: Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor

Código: CDSB2022
Duración: 40 horas
Nivel: avanzado
Idioma: español
Fecha: del 01 al 05 de agosto de 2022
Horario: lunes a viernes 9:00 -17:00 (hora del Centro de México)
Modalidad: en línea

Más información:
https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cdsb-2022-workshops/

En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos de microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor.

Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica; además, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica y aprenderás también cómo documentar tu código utilizando RMarkdown.

Este curso está dirigido a personas que desean aprender cómo reconstruir genomas desde metagenomas y hacer predicciones metabólicas, así como contribuir en el desarrollo de herramientas bioinformáticas en esta área. Las personas que deseen inscribirse al taller deben contar con conocimientos de linux, R, análisis de calidad de secuencias de NGS y ensamble metagenómico.

Este taller es de un nivel Avanzado, por lo que necesitarás contar con algunos conocimientos previos:

• Conocimientos básicos de secuenciación de metagenomas y ensamblado
  • Saber qué son los reads.
  • Control de calidad de secuencias de NGS.
  • Ensamble de metagenomas.
• Conocimientos básicos de RStudio.

Requisitos técnicos:

• Computadora Personal. Un mínimo de 8 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen.
• Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.

• Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa: Estancia Postdoctoral en la Universidad de Texas en Austin.
• Dra. Joselyn Chávez Fuentes: Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
• M.C. Erick Cuevas Fernández: Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
• Dra. Alejandra Medina Rivera: Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
• Dra. Yalbi Balderas Martínez: Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.

Instructores invitados:

• Dr. Brett Baker
• Dra. Valerie De Anda

Día 1: Generando reportes y flujos de trabajo con R markdown

• Presentación a la CDSB.
• Plática: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica.
• Control de versiones con GitHub y RStudio.
• Generación de Reportes con R markdown.

Día 2: Reconstrucción de genomas

• Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor.
• Plática: Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica.
• Reconstrucción de genomas.

Día 3: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética

• Asignación taxonómica.
• Análisis de vías metabólicas.
• MEBs
• Sesión social: Conociendo a la comunidad.

Día 4:

• Proyectos colaborativos de metagenomas.

Día 5:

• Proyectos colaborativos de metagenomas.
• Presentación de proyecto.
• Clausura.

• R
• RStudio

Este taller se impartirá en línea a través de Zoom.

Regresar